La storia della chiesa è molto antica: la sua prima citazione, risalente al 1043 quando ancora essa era dedicata a San Maurizio, è contenuta in un atto di vendita, conservato presso l’Archivio di
Montecassino, in cui si parla di un tale “Giovanni abate del Monastero di San Maurizio sul Monte Formale vicino al castello di San Giovanni”.
Nel 1062 essa venne donata all’abate Oderisio di Montecassino, entrando a far parte del patrimonio dell’Abbazia, e venne ampliata di una stanza per consentire la permanenza di un laico benedettino come custode.
In epoca imprecisata, ma a seguito dei saccheggi saraceni, San Giovanni Incarico si cinse di un sistema di punti di avvistamento e utilizzò la chiesa, evidentemente restaurata, come posto di guardia per vigilare sulla vallata; a questo punto, essa venne dedicata alla Madonna, venerata sotto il significativo titolo della Guardia.
L’importanza di questo luogo di culto e la grande devozione che suscitava sono attestate, anche, da un frammento lapideo, dal quale si desume che la chiesa fu aggregata per speciale privilegio alla Basilica Lateranense in Roma, così che i fedeli potevano beneficiare delle indulgenze, dei privilegi e delle grazie spirituali che si godevano a S. Giovanni in Laterano.
Studi e ricerche condotti agli inizi del XX secolo fecero ritenere che la Chiesa fosse stata edificata nel 1015, tanto che il popolo devoto inoltrò al Capitolo di San Pietro tramite l’allora ordinario diocesano Mons. Antonio Maria Iannotta, la richiesta di solenne incoronazione della venerata Immagine di Maria Santissima della Guardia,
celebrazione che avrebbe dovuto rappresentare il momento culminante dei festeggiamenti per i 900 anni della fondazione.
La data del 1015, benché non supportata da solide giustificazioni storiografiche, sembra coerente con le notizie certe sull’origine del castello di San Giovanni Incarico,
la cui prima menzione è contenuta in un documento del 977 conservato nell’Archivio di Montecassino.
Il Capitolo di San Pietro (al quale spettava l’approvazione delle incoronazioni solenni, e il cui Cardinal Prefetto era Rafael Merry del Val (1865-1930), già segretario di Stato
sotto Pio X e segretario del Sant’Uffizio con Benedetto XV) in ragione della grande devozione popolare che si registrava nei confronti del santuario
sul colle, approvò la solenne incoronazione con decreto datato 14 gennaio 1915.
Tuttavia, a causa della prima guerra mondiale, la cerimonia venne sospesa.
Infatti l’incoronazione, così come i festeggiamenti per il nono centenario della fondazione del santuario, furono celebrati per la festa di Maria SS. ma della Guardia di martedì 25 maggio 1920,
direttamente da Mons. Antonio Maria Iannotta, e nella stessa occasione, a sottolineare l’eccezionalità dell’evento religioso, certamente inteso da tutto il popolo come ringraziamento per la fine della tragedia bellica, fu inaugurata la luce elettrica a San Giovanni Incarico (forse anche in un simbolico collegamento con le celebrazioni in onore di Maria Madre del Cristo, Luce del Mondo).
Da tempo immemorabile la festa della Madonna della Guardia si celebra il martedì dopo la Pentecoste con grande afflusso di pellegrini, non solo di San Giovanni Incarico e dei paesi vicini,
che affidano alla Madre Celeste i loro sacrifici, le loro sofferenze, le loro speranze.